두 가지 경우가 다 있을꺼 같습니다.

효율적인 후자의 경우로 가려면 몇 가지 조건이 있는데 레이아웃 잡을때 쓴 Asset의 리깅과 나중에 Update된 Asset의 리깅이 구조가 같아야 Keyframe을 그대로 활용할 수 있고 Asset을 import가 아닌 Reference로 불러온 상태면 더 좋습니다.

전 단편 작업할 때 그렇게 잔행했습니다.

저희 회사 기준으로 답변을 해드리자면 스토리보드를 기반으로 프리비즈를 제작하고 그 씬을 기준으로 레이아웃을 퍼블리싱 합니다. 보통은 프리비즈와 똑같이 레이아웃을 퍼블리싱 하고 중간에 수정이 있는 경우 레이아웃 단계에서 수정 (대부분 작은 수정) 한후 shot by로 애니메이션 팀에게 갑니다. (어셋은 동일하게 가고 FX는 대체됩니다.)